Datos de secuenciación del modelo
La Chordoma Foundation ha llevado a cabo una caracterización exhaustiva de 21 líneas celulares de cordoma y 12 modelos de xenoinjertos derivados de pacientes (PDX) utilizando la secuenciación del exoma completo (WES) (100X, 150bp paired-end) y la secuenciación del transcriptoma completo (WTS) (80M reads, 150bp paired-end). Cada modelo se sometió a WTS en cuatro réplicas biológicas (es decir, distintos tumores PDX o placas de cultivo de células) a lo largo de al menos dos pasajes para tener en cuenta la variabilidad de la expresión génica.
Los datos brutos de secuenciación están disponibles para su descarga en Cavatica.
Los datos resumidos de la secuenciación modelo están disponibles en PedcBioPortal.
Instrucciones para acceder a los datos de secuenciación en bruto en Cavatica
Regístrese para obtener una cuenta en Cavatica y solicite acceso al 'Chordoma Foundation Dataset'. Una vez aprobado el acceso, localice los archivos en las subcarpetas 'Model_Data_Batch_1' y 'Model_Data_Batch_2'. Los datos RNA-Seq más recientes se encuentran en la carpeta 'Model_Data_Batch_2', concretamente en la subcarpeta 'source-data'.
Al navegar por Cavatica, la columna "Sample ID" denota el nombre del modelo, mientras que "Sample Type" indica línea celular o PDX. Los archivos relevantes se clasifican en "Experiment Strategy" como RNA-Seq. Cada modelo incluye N=4 archivos de RNA-Seq de réplica biológica, con archivos de réplica etiquetados como R1, R2, R3, R4 u ocasionalmente D1. Tenga en cuenta que los datos de las 21 líneas celulares y los 12 PDX abarcan varias páginas.
Aquí encontrará información sobre la descarga masiva de datos de Cavatica.
Si necesita ayuda para acceder a los datos o navegar por ellos, póngase en contacto con nosotros.
Lista de conjuntos de datos sobre cordoma disponibles públicamente
Explore una lista completa de conjuntos de datos de cordoma disponibles públicamente, con recursos publicados y no publicados accesibles para investigadores y médicos. Esta hoja de cálculo en vivo captura una serie de tipos de datos, incluyendo ARN-seq, metilación, WES y WGS, proporcionando datos valiosos para apoyar la investigación del cordoma y mejorar los conocimientos.
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