Lista de conjuntos de datos sobre el cordoma disponibles públicamente
Explora una lista exhaustiva de conjuntos de datos sobre el cordoma disponibles públicamente, que incluye recursos tanto publicados como inéditos a los que pueden acceder investigadores y profesionales clínicos. Esta hoja de cálculo en tiempo real recoge una amplia variedad de tipos de datos, entre los que se incluyen la secuenciación de ARN (RNA-seq), la metilación, la secuenciación del exoma completo (WES) y la secuenciación del genoma completo (WGS), y proporciona información valiosa para respaldar la investigación sobre el cordoma y mejorar los conocimientos al respecto.
Datos de secuenciación del modelo
La Chordoma Foundation ha llevado a cabo una caracterización exhaustiva de 21 líneas celulares de cordoma y 12 modelos de xenoinjertos derivados de pacientes (PDX) mediante secuenciación del exoma completo (WES) (100X, pares de secuencias de 150 pb) y la secuenciación del transcriptoma completo (WTS) (80 millones de lecturas, pares de secuencias de 150 pb). Cada modelo se sometió a WTS en cuatro réplicas biológicas (es decir, tumores PDX distintos o placas de cultivo celular) a lo largo de al menos dos pases para tener en cuenta la variabilidad en la expresión génica.
Los datos brutos de secuenciación están disponibles para su descarga en Cavatica.
Los datos resumidos de la secuenciación de los modelos están disponibles en PedcBioPortal.
Instrucciones para acceder a los datos brutos de secuenciación en Cavatica
Regístrese para obtener una cuenta en Cavatica y solicite acceso al «Conjunto de datos de la Chordoma Foundation». Una vez aprobado el acceso, localice los archivos en las subcarpetas «Model_Data_Batch_1» y «Model_Data_Batch_2». Los datos de secuenciación de ARN más recientes se encuentran en la carpeta «Model_Data_Batch_2», concretamente en la subcarpeta «source-data».
Al navegar por Cavatica, la columna «Sample ID» indica el nombre del modelo, mientras que «Sample Type» indica si se trata de una línea celular o de un PDX. Los archivos pertinentes están clasificados en «Experiment Strategy» como RNA-Seq. Cada modelo incluye N=4 archivos de RNA-Seq de réplicas biológicas, con los archivos de réplica etiquetados como R1, R2, R3, R4 u, ocasionalmente, D1. Ten en cuenta que los datos de las 21 líneas celulares y los 12 PDX abarcan varias páginas.
A continuación se ofrece información sobre la descarga de datos a granel desde Cavatica.
Si necesita ayuda con el acceso a los datos o la navegación, póngase en contacto con nosotros.
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